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• Engenharia Agrícola (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Ciências Agronômicas (Câmpus de Botucatu)
  
• Engenharia Civil (Mestrado)
  Faculdade de Engenharia (Câmpus de Ilha Solteira)
  
• Engenharia Civil e Ambiental (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Engenharia (Câmpus de Bauru)
  Instituto de Geociências e Ciências Exatas (Câmpus de Rio Claro)
  Instituto de Ciência e Tecnologia (Câmpus de Sorocaba)
  Faculdade de Engenharia e Ciências (Câmpus de Guaratinguetá)
  
• Engenharia de Biomateriais e Bioprocessos (Mestrado Profissional)
  Faculdade de Ciências Farmacêuticas (Câmpus de Araraquara)
  
• Engenharia de Produção (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Engenharia (Câmpus de Bauru)
  
• Engenharia de Produção (Mestrado)
  Faculdade de Engenharia e Ciências (Câmpus de Guaratinguetá)
  
• Engenharia de Produção (Mestrado Profissional)
  Faculdade de Engenharia e Ciências (Câmpus de Guaratinguetá)
  
• Engenharia e Ciência de Alimentos (Mestrado e Doutorado)
  Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Câmpus de São José do Rio Preto)
  Faculdade de Ciências Farmacêuticas (Câmpus de Araraquara)
  
• Engenharia Elétrica (Mestrado)
  Instituto de Ciência e Tecnologia (Câmpus de Sorocaba)
  Faculdade de Engenharia (Câmpus de São João da Boa Vista)
  
• Engenharia Elétrica (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Engenharia (Câmpus de Ilha Solteira)