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• Matemática (Mestrado e Doutorado)
  Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Câmpus de São José do Rio Preto)
  
• Matemática Aplicada e Computacional (Mestrado)
  Faculdade de Ciências (Câmpus de Bauru)
  Faculdade de Ciências e Tecnologia (Câmpus de Presidente Prudente)
  
• Matemática em Rede Nacional (Mestrado Profissional)
  Instituto de Geociências e Ciências Exatas (Câmpus de Rio Claro)
  
• Matemática em Rede Nacional (Mestrado Profissional)
  Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Câmpus de São José do Rio Preto)
  
• Medicina (Mestrado Profissional)
  Faculdade de Medicina (Câmpus de Botucatu)
  
• Medicina Veterinária (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (Câmpus de Botucatu)
  
• Medicina Veterinária (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (Câmpus de Jaboticabal)
  
• Microbiologia (Mestrado e Doutorado)
  Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (Câmpus de São José do Rio Preto)
  
• Microbiologia Agropecuária (Mestrado e Doutorado)
  Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (Câmpus de Jaboticabal)
  
• Mídia e Tecnologia (Doutorado)
  Faculdade de Arquitetura, Artes, Comunicação e Design (Câmpus de Bauru)